Franklin Graham wiernie podąża śladami swojego słynnego ojca, który niestety doprowadził do stopniowego odejścia od Biblii wraz z każdym mijającym dziesięcioleciem. W 1996 roku Franklin został pierwszym wiceprezesem Billy Graham Evangelistic Association (Stowarzyszenia Ewangelizacyjnego Billy’ego Grahama). Było to nowe stanowisko oferujące bezpośrednią sukcesję objęcia stanowiska prezesa, kiedy Billy Graham stanie się niezdolny do pełnienia tej funkcji. Franklin przejął prowadzenie misji w 2001 roku.